국가정보원이 서울시 공무원 간첩조작 사건 수사 때도 댓글 공작 수사 때와 마찬가지로 검찰의 압수수색에 대비한 위장 사무실을 꾸미는 등 수사를 방해했다는 의혹이 제기됐다. 검찰은 이 사건에 대한 수사에 착수했다.

서울중앙지검은 2014년 3월 서울시 공무원 유우성씨 간첩조작 사건 수사팀이 국정원을 압수수색할 당시 국정원이 가짜 사무실을 마련해 검사와 수사관들을 안내하고 허위 서류를 제출했다는 취지의 진정서를 접수해 7일 공안2부에 사건을 배당했다. 검찰 관계자는 “내용의 진위나 신빙성을 검토한 뒤 필요하다고 판단되면 관계자 소환, 국정원 자료 요구 등을 진행할 것”이라고 말했다. 국정원도 감찰실을 통해 제보 내용에 대한 조사에 착수했고, 국정원 개혁발전위원회도 국정원으로부터 이 사안에 대한 보고를 받을 것으로 알려졌다.

과거 유씨를 대리했던 변호인단도 같은 내용의 제보 편지를 받고 당시 국정원장인 남재준 전 원장과 편지에 수사 방해에 관여한 것으로 적혀 있는 국정원 직원 등 8명을 검찰에 고발했다. 유씨의 변호인단은 이날 기자회견을 열고 “제보에는 당시 수사에 관여했던 국정원 직원들의 이름과 직급, 현재 근무지까지 자세히 적혀 있는 등 국정원 내부 사람이 아니면 알 수 없는 내용이 담겨 있어 신빙성이 높아 보인다”고 말했다.

제보에 따르면 2014년 검찰이 간첩조작 사건 증거 수집을 위해 대공수사국 수사3처 사무실을 압수수색했을 때 국정원은 위장 사무실을 만들고 허위 서류를 제출했다. 제보자는 “책임져야 할 윗선들이 실무자들에게 책임을 전가하는 것에 실망했다”며 제보 동기를 밝혔다.

2004년 탈북한 화교 출신 유씨는 국내 탈북자 정보를 북한에 넘겨준 혐의(국가보안법 위반) 등으로 기소됐지만 항소심 재판 과정에서 국정원이 증거를 조작한 사실이 밝혀졌다. 이에 검찰이 국정원의 증거 조작 혐의에 대해 수사에 착수했지만 과장급 실무자 1명이 징역형을 선고받는 선에서 마무리됐다.