헤노코 미군기지 이전문제는 국제적인 환경이슈로도 부각되고 있다.

헤노코 해안이 멸종위기의 해양 포유류 동물인 듀공 서식지이기 때문이다. 헤노코가 위치한 오키나와 본섬 북부의 동쪽 산호초 해안은 듀공이 서식하는 북쪽 한계선이다.

듀공은 몸 길이가 2.2~3.4m에 달하는 대형 포유류로, 몸집은 고래와 유사하지만 얼굴이 소와 흡사하고, 해초만을 먹기 때문에 바닷소로 불리기도 한다. 또 새끼를 안고 젖을 먹이는 모습이 사람을 닮아 옛 뱃사람들은 인어로 착각하기도 했다.

듀공 서식은 1996년 이후 헤노코 미군 해상기지 계획을 추진하면서 환경영향평가 과정에서 확인됐다. 헤노코 앞바다는 바다 속 10m까지 훤히 들여다 보이는 청정해역으로 해조류와 산호군락이 풍부해 듀공이 살기에 안성맞춤인 지역으로 평가받고 있다.

요시카와 히데키(吉川秀樹) 오키나와 생물다양성시민네트워크 대표는 “헤노코 해안에서는 듀공이 해초를 먹었던 흔적들을 찾아볼 수 있다”며 “기지 건설이 강행될 경우 산호초가 파괴될 뿐 아니라 해류변화로 듀공 생태에 큰 영향을 미칠 것”이라고 말했다.

기지 이전을 반대하는 주민들은 2003년 9월 듀공을 원고로 미 국방부 장관을 피고로 소송을 제기하기도 했다. 소송은 미 정부가 헤노코 해상기지 건설에 개입했는지 여부를 가리기 위한 것으로 듀공네트워크 오키나와, 듀공보호기금위원회 등 일본내 단체는 물론 미국의 생물다양성센터 등도 참가했고, 그린피스 등 환경단체들이 지지하고 있다.