정부가 반도체·배터리 분야의 기술 개발에 5년간 1조원이 넘는 세액공제 혜택을 주기로 했지만, 시장에서는 오히려 역효과를 낼 수 있다는 지적이 제기됐다. 코로나19로 재정지출이 늘어난 상황에서 이를 비롯한 세액공제 전반을 재검토해야 한다는 분석이 나온다.

권성준 조세재정연구원 부연구위원은 1일 발간된 월간 재정포럼 ‘2021년 세법개정안 평가’에서 반도체·배터리·백신 연구개발(R&D) 세제 지원과 고용증대 세제, 청년 성과보상기금 소득세, 개인종합자산관리계좌(ISA) 과세특례 등에 대한 의견을 제시했다.

정부는 2021년 세법개정안에서 반도체·배터리·백신 3개 분야를 ‘국가핵심전략기술’로 정해 연구인력개발과 시설투자 세액공제율을 대폭 상향했다. 이에 대한 세제 지원 규모는 5년간 총 1조1000억원이다. 권 연구위원은 R&D 부분 세액공제가 실제 시장 성과로 이어질지에 대해선 부정적 전망을 내놨다. 2011년부터 신성장동력 및 원천기술에 적용해온 유사한 우대 세율 조치가 성장성, 수익성, 기업 시장성 등에 미친 효과가 미흡한 것으로 분석됐기 때문이다.

R&D 세액공제를 하면서 중소기업과 대기업 기업 규모에 따라 공제율을 차등 적용한 점도 문제다. 권 연구위원은 “차등 지원은 대부분의 국가에서 찾아볼 수 없어 보편성이 떨어지고 특정 유형자산, 기업규모에 따른 우대세제가 오히려 기업의 성장과 전체 경제의 성장을 저해할 수 있다”고 말했다. 세액공제 대상에서 이미 성과가 나타나지 않았거나 잠재력이 떨어지는 기업을 제외하는 조정 노력이 없던 점도 지적됐다.

정부는 올해 세법개정안에서 고용증대 세액공제를 확대했다. 공제액을 한시적으로 올리고 적용기한을 늘리는 식이다. 권 연구위원은 고용증대 세액공제에 대해 “단기적으로 어느 정도의 효과성을 기대해 볼 수 있을 것으로 생각된다”고 긍정적으로 평가했다. 그러나 경력단절 여성 등 취업취약계층을 위한 각종 일자리 공제와 정규직 전환 세액공제 등에 대해선 “활용도가 매우 낮아 실효성을 기대하기 어렵다”며 “다른 제도와 통합 등 전반적인 정비를 할 필요가 있어 보인다”고 말했다. 또 중소기업이 청년에게 지급한 성과보상기금 소득세를 감면해주는 제도는 2020년과 2021년 조세 지출 규모가 8억원 수준에 그칠 만큼 거의 활용되지 않았다는 점에서 조정이 필요하다고 분석했다.

정부가 장기 투자를 유도하고 국민 자산 형성에 기여하기 위해 만든 개인종합자산관리계좌(ISA) 과세특례는 소득 수준이 높은 계층만 누려 역진적 조세지출일 수 있다고 권 연구위원은 지적했다. 금융투자 소득공제가 5000만원으로 높은 수준이고 ISA의 납입한도는 연 2000만원, 5년간 1억원인 것을 감안할 때 혜택 자체가 금융투자소득 수준이 높은 계층에 한정하여 나타날 가능성이 있기 때문이다.

권 연구위원은 “이번 세법개정안은 세수 중립에 가까웠던 지난 2년간의 세법개정안과 다르게 1조 5050억원 수준의 세수감 효과가 예상된다”며 “여러 차례의 추가경정이 추진되고 재정지출이 지속적으로 증가되고 있는 상황에서 감세가 시기적으로 적절한지에 대해 이견의 여지가 있다”고도 지적했다.