최근 감사원이 실시한 대학 등록금 본감사에 대해 연세대가 1일 “헌법이 보장한 사립대 운영의 자율권과 대학의 자유, 학문의 자유를 침해했다”며 헌법소원을 청구했다. 이날 연세대는 보도자료를 내고 “1987년 개정 헌법은 대학의 자율성을 기본권으로 분명하게 규정하고 있으며, 따라서 사립대학에 대한 감사 근거가 된 감사원법과 이에 따른 감사원의 감사행위는 위헌”이라고 주장했다.

이어 연세대는 “대학의 자율성은 국가의 지속적 발전을 가능하게 하는 연구·교육을 위한 기본 조건으로 존중돼야 한다”며 “감사원 감사는 대학이 국책 연구비나 국고 보조를 받는 부분에 국한해야 하며 사립대 업무 전반에 걸친 포괄적 직무감사는 과도한 공권력 행사”라고 강조했다.

이에 대해 감사원 관계자는 “대학의 자율성을 최대한 존중하면서 회계 분야를 중심으로 신중하게 감사를 진행했으므로 위헌의 소지는 없다고 생각한다”고 말했다. 감사원은 지난 8월부터 전국 66개 대학을 대상으로 감사 인력 399명을 투입해 등록금 본감사를 진행했고 연세대와 고려대 등 주요 사립대 다수가 감사 대상에 포함된 것으로 알려졌다.