후텐마 기지 이전과 함께 미·일 간 쟁점 현안이 되고 있는 것은 주일 미군 지위협정 개정 문제다. 미·일 지위협정은 미·일 안보조약에 근거해 1960년 조인된 이후 지금까지 한 차례도 개정되지 않았다. 미군이 사용하는 시설과 구역, 미군 병사와 가족의 법적 지위에 대해 정한 규정이지만 불공평 논란으로 일본 내에서는 이 협정에 대한 개정 요구가 끊임없이 제기돼 왔다.

최대 쟁점은 형사재판권에 관한 제 17조다. 이 규정에 따르면 미군 병사가 공무와 관련되지 않은 형사사건을 일으킬 경우 일본 측이 기소할 때까지 미군이 계속해서 피의자의 신병을 구속하도록 돼 있다.

미군은 59년 9월 오키나와에서 일어난 미군 병사의 여자 초등학생 폭행사건에서 이 규정을 들어 범인의 신병 인도를 거부해 주민의 반발을 샀다. 이 사건을 계기로 미·일 양국은 그해 10월 살인, 부녀 폭행 등 흉악사건의 경우 미국 측이 기소 전 신병 인도 요청에 “호의적인 고려를 한다”는 운영 개선 방침에 합의했다. 72년 오키나와의 본토 복귀 이후 지난해 말까지 강도, 살인 등 미군 범죄의 누계는 559건에 달한다.

미·일 지위협정에 환경 관련 조항 신설 여부도 쟁점사항이다. 미국과 일본 정부는 2000년 9월 주일미군이 일본의 환경기준에 따라 건강 피해가 명백한 오염을 발생시킬 경우 미국 정부가 이를 즉시 정화한다는 데 합의했다. 그러나 미군 측이 거부하면 일본 측은 미군기지에 들어가 조사할 수 없어 여전히 불공평 논란을 낳고 있다.

민주·사민·국민신당 등 3당은 지난해 “일본 측의 요구가 있으면 미국은 모든 범죄에 대해 기소 전 인도하도록 동의한다”는 내용을 골자로 한 개정안을 마련했다. 또 개정안에 환경조항을 신설하고 “미군 훈련 등으로 환경 피해가 일어날 경우 국가와 지방자치단체에 의한 기지 입회조사를 인정하고 미군이 원상 회복한다”는 규정을 넣었다.

민주당은 지난 8·30 총선 공약에서도 “미·일 지위협정의 개정 문제를 제기하고 미군 재편과 주일미군기지의 형태를 재검토하는 방향으로 (개정에) 임한다”고 분명히 했다. 그러나 정권 출범 후 후텐마 기지 이전과 인도양 급유지원 연장 문제 등 현안에 밀려 이 문제에 대한 논의가 이뤄지고 있지 않은 상태다.