목원대학교는 2021학년도 모집인원 1825명 중 정시에서 총 118명을 선발한다. 이는 정원 내 기준으로 수시 미등록 이월 인원이 반영된 최종 모집인원은 내년 1월5일 이후 공지될 예정이다.

군별 모집인원을 보면 가군은 수능 위주 일반학생전형(영어교육과, 신학과), 실기/실적 위주 일반학생전형(음악대학)에서 12명을 선발한다. 나군은 수능 위주 일반학생전형(글로벌커뮤니케이션학부, 사회복지학과, 경영학과, 부동산금융보험융합학과, 마케팅 빅데이터학과, 광고홍보커뮤니케이션학부, 첨단소재학과, 화장품뷰티학과, 의생명·보건학부, 소방안전관리학과, 미생물생명공학과, 건축학부, 도시공학과, 융합컴퓨터·미디어학과, IT융합전자공학과, AI로봇융합학과, 미술교육과, 유아교육과) 및 실기/실적 위주 일반학생전형(TV·영화학부, 스포츠건강관리학과, 음악교육과, 미술·디자인대학, 국제예술산업학부)에서 87명을 선발한다. 다군은 수능 위주 일반학생전형(역사학과, 항공호텔관광경영학부, 국제무역물류학과, 글로벌경제학과, 중국어중국학과, 공공인재학과, 경찰법학과, 정보통신융합공학부, 국어교육과, 수학교육과)에서 15명을 정원 내에서 선발한다.

대학수학능력시험 반영방법은 국어, 수학(가/나), 탐구(사/과/직)영역 중 상위영역 2개를 택하고, 영어는 절대평가 도입에 따라 필수로 반영한다. 또 수능 영어영역은 절대평가 도입에 따라 등급별 반영점수를 반영한다. 한국사는 가산 부여 방식으로 1~6등급 10.0점, 7등급 9.5점, 8등급 9.0점, 9등급 8.5점을 전형 총점에 가산점을 부여한다. 수능 성적 활용지표는 백분위 성적이다. 특히 예·체능계열은 수능성적, 실기고사를 본다.

수능 위주 일반학생전형에서는 가, 나, 다군 일반학과(부)의 경우엔 전형 요소별 반영비율로 수능 100%를 반영하고, 다군 수학교육과는 수능 70%(92.1%)+면접 30%(7.9%)를 반영한다.